Se incorporó en 1825 como soldado en las milicias de San José y participó en las Batallas de Rincón y Sarandi.
Fue promovido a alférez y revistó en el Escuadrón 2º de Caballería de línea donde llegó a capitán.
En 1836 se incorporó a las filas de la revolución riverista y al finalizar la misma fue designado Jefe Político y de Policía de San José.
Durante el Sitio Grande fue por dos veces Comandante General de Armas de Montevideo. En 1852, fue Jefe político de Montevideo y Ministro de Guerra.
En 1853 se hizo cargo del Ejecutivo conjuntamente con Juan Antonio Lavalleja y Fructuoso Rivera. A la muerte de estos, fue elegido Presidente Constitucional, cargo que desempeñó, hasta el 10 de Setiembre de 1855.
En 1857, emigró a Entre Ríos y luego a Buenos Aires donde integró el ejército de Bartolomé Mitre, vencedor de Pavón.
En 1863, invadió el país reclamando derechos políticos y religiosos. La “Cruzada Libertadora” que así llamó Flores a su revolución, duró casi dos años y culminó en febrero de 1865 con su triunfo. Flores gobernó de 1865 a 1868 como Gobernador Provisorio.
En oportunidad de la Guerra del Paraguay en 1865 Flores marchó con la División Oriental y se mantuvo en campaña hasta 1866.
Habiendo decidido abandonar el poder que ejercía como Gobernador Provisorio, lo realizó el 15 de febrero de 1868; entregándolo al Presidente de la Asamblea General.
Cuatro días más tarde estalló en Montevideo una revolución, durante la misma fue asesinado el día 19 de febrero de 1868.
